2007年の時点で、レジオネラ属菌には55菌種が確認されています。現在、レジオネラ属菌種の病原因子が解明されていないので、全ての菌種がレジオネラ症を引き起こす可能性が有ると考える必要があります。従って、通常の検査では菌種まで同定していません。
ただし、レジオネラ症防止指針(第4版)では、『レジオネラ症患者集団発生はもとより散発患者が確定診断された場合には、感染源として疑われる環境水のレジオネラ属菌検査を実施して、レジオネラ属菌が検出された場合には、地方衛生研究所等の協力を得て、菌種と血清群を同定し、可能であれば患者株と環境株の分子遺伝学的異同を決定しなければならない。』としています。